納税者支援調整官に救済申立てをなしたところ、再調査となり、再調査の結果で収集された証拠資料に基づき、過大役員給与の判定基準について最高値基準が採用された。
株式の評価損計上について、通達どおり行ったことを説明して是認された。
病院（経営法人Ａ）に対する貸付金債権を有するＢ社は、貸付金債権と営業権を共にＣ社に譲渡したが、Ｃ社は、Ａに対し、貸付金の債務免除をなした。その後、国税局の税務調査があり、債務免除益課税すると指摘された。Ａは、多くの入院患者を抱えており、債務免除益課税の回避を国税局に陳情したところ、社会的な影響の大きさが考慮され、課税されなかった。
市場の無い取引は、公正価格が問われる。親会社Ｓと子会社Ｂ間では、建築資材について、合理的な原価計算を基礎として、親子間の継続的売買価格を決定し期末に一括清算していたが、寄付金認定が撤回された。
親会社Ａは、子会社Ｂとの間で、業務委託契約を締結し、建築部材製作ノウハウ料を支払っていた。税務調査において、この支払は交際費に該当するとされたが、国税不服審判所において、業務委託等の契約に基づく支払いは、交際費に該当しないとされた。
Ａ社は創業者会長の退職に伴い、退職金額を貢績倍率法で算定したところ、低い数値であったので、最終月額報酬額200万円をＴＫＣ公表の標準月額報酬400万円で計算して支給した。その後、税務調査が入り、最終月額報酬で計算される数値が過大性の判定基準であると指摘された。会社は残波事件の東京高裁判決を示して交渉したところ、標準月額報酬による計算も合理性があるとして是認された。
建設業者Ａ社は、法人税法違反事件で起訴され、Ａ社は罰金刑を課され、代表者Ｂは懲役1年執行猶予3年の判決を受けた。その後、Ａ社は建設許可の取消処分を受けたが、Ｂは新会社Ｃを設立して新しく建設許可を受けた。
Ａ社経理部長は、２億円の架空発注をなし、Ａ社から同額を詐取したことにより、被害者であるＡ社に課税された（日本美装事件）。